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| 1.Runde | 2.Runde | Achtelfinale | |
| Viertelfinale | Halbfinale | ||
| Finale | |||
| 1.Runde | ||
| FC Bayern München - KP Legia Warschau SSA | 3:1 | 7:3 |
| RFC Antwerpen - 1. FC Köln | 2:4 | 1:2 |
| AS Rom - 1. FC Nürnberg | 1:2 | 3:1n.V. |
| Bayer 04 Leverkusen - Belenenses Lissabon | 0:1 | 0:1 |
| VfB Stuttgart - Banyasz Tatabanya | 2:0 | 1:2 |
| FC Aberdeen - SG Dynamo Dresden | 0:0 | 0:2 |
| FC Aarau - 1. FC Lok Leipzig | 0:3 | 0:4 |
| FC Sliema Wanderers - Victoria Bukarest | 0:2 | 1:6 |
| Union Sportive Luxemburg - RFC Lüttich | 1:7 | 0:4 |
| First Vienna - Ikast FS | 1:0 | 1:2 |
| Besiktas JK - NK Dinamo Zagreb | 1:0 | 0:2 |
| Otelul Galatz - Juventus Turin | 1:0 | 0:5 |
| Trakia Plovdiv - FK Dinamo Minsk | 1:2 | 0:0 |
| FK Zalgiris Vilnius - FK Austria Memphis Wien | 2:0 | 2:5 |
| Dnjepr Dnjepropetrowsk - FC Girondins Bordeaux | 1:1 | 1:2 |
| Turku PS - FC Linfield | 0:0 | 1:1 |
| Molde FK - SV Wagerem | 0:0 | 1:5 |
| FK Partizan Belgrad - FK Slavia Sofia | 5:0 | 5:0 |
| Öster Växjö - FC DAC Dunajska Streda | 2:0 | 0:6 |
| Malmö FF - FK Torpedo Moskau | 2:0 | 1:2n.V. |
| FC Groningen - Club Atletico Madrid | 1:0 | 1:2 |
| St Patrick's Athletic FC - Heart of Midlothian FC | 0:2 | 0:2 |
| Velez Mostar - FC Apoel Nikosia | 1:0 | 5:2 |
| AEK Athen - Athletic Club Bilbao | 1:0 | 0:2 |
| FC Servette Genf - Sturm Graz | 1:0 | 0:0 |
| Real Sociedad San Sebastian - ASVS Dukla Prag | 2:1 | 2:3 |
| FC Inter Mailand - IK Brage Borlänge | 2:1 | 2:1 |
| FC Glasgow Rangers - GKS Kattowitz | 1:0 | 4:2 |
| SC Montpellier - SL Benfica Lissabon | 0:3 | 1:3 |
| SSC Neapel - PAOK Saloniki | 1:0 | 1:1 |
| Sporting CP Lissabon - FC Ajax Amsterdam | 4:2 | 2:1 |
| IA Akranes - SC Ujpest Dosza Budapest | 0:0 | 1:2 |
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| 2.Runde | ||
| FC Bayern München - FC DAC Dunajska Streda | 3:1 | 2:0 |
| NK Dinamo Zagreb - VfB Stuttgart | 1:3 | 1:1 |
| 1. FC Köln - FC Glasgow Rangers | 2:0 | 1:1 |
| 1. FC Lok Leipzig - SSC Neapel | 1:1 | 0:2 |
| SG Dynamo Dresden - SV Waregem | 4:1 | 1:2 |
| FK Partizan Belgrad - AS Rom | 4:2 | 0:2 |
| Velez Mostar - Belenenses Lissabon | 0:0 | 0:0n.V. 4:3i. E. |
| Sporting CP Lissabon - Real Sociedad San Sebstian | 1:2 | 0:0 |
| Heart of Midlothian FC - FK Austria Memphis Wien | 0:0 | 1:0 |
| SC Ujpest Dosza Budapest - FC Girondins Bordeaux | 0:1 | 0:1 |
| Juventus Turin - Athletic Club Bilbao | 5:1 | 2:3 |
| First Vienna - Turku PS | 2:1 | 0:1 |
| Malmö FF - FC Inter Mailand | 0:1 | 1:1 |
| RFC Lüttich - SL Benfica Lissabon | 2:1 | 1:1 |
| FC Groningen - FC Servette Genf | 2:0 | 1:1 |
| FK Dinamo Minsk - Victoria Bukarest | 2:1 | 0:1 |
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| Achtelfinale | ||
| FC Bayern München - FC Inter Mailand | 0:2 | 3:1 |
| Real Sociedad San Sebastian - 1. FC Köln | 1:0 | 2:2 |
| FC Groningen - VfB Stuttgart | 1:3 | 0:2 |
| SG Dynamo Dresden - AS Rom | 2:0 | 2:0 |
| FC Girondins Bordeaux - SSC Neapel | 0:1 | 0:0 |
| Heart of Midlothian FC - Velez Mostar | 3:0 | 1:2 |
| Victoria Bukarest - Turku PS | 1:0 | 2:3 |
| RFC Lüttich - Juventus Turin | 0:1 | 0:1 |
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| Viertelfinale | ||
| Heart of Midlothian FC - FC Bayern München | 1:0 | 0:2 |
| VfB Stuttgart - Real Sociedad San Sebastian | 1:0 | 0:1n.V. 4:2i.E. |
| Victoria Bukarest - SG Dynamo Dresden | 1:1 | 0:4 |
| Juventus Turin - SSC Neapel | 2:0 | 0:3n.V. |
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| Halbfinale | ||
| SSC Neapel - FC Bayern München | 2:0 | 2:2 |
| VfB Stuttgart - SG Dynamo Dresden | 1:0 | 1:1 |
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| Finale am 03. und 17.05.1989 | ||
| SSC Neapel - VfB Stuttgart | 2:1 | 3:3 |