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| Qualifikation | 1.Runde | 2.Runde | Achtelfinale |
| Viertelfinale | Halbfinale | ||
| Finale | |||
| Qualifikation | ||
| AJ Auxerre - NK Dinamo Zagreb | 0:1 | 3:1 |
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| 1.Runde | ||
| Lilleström SK - SV Werder Bremen | 1:3 | 0:2 |
| 1. FC Köln - TJ Plastika Nitra | 4:1 | 1:0 |
| VfB Stuttgart - Feyenoord Rotterdam | 2:0 | 1:2 |
| Orgryte IS - Hamburger SV | 1:2 | 1:5 |
| FC Karl-Marx-Stadt - FC Boavista Porto | 1:0 | 2:2n.V. |
| FC Hansa Rostock - Banik Ostrau | 2:3 | 0:4 |
| FK Austria Memphis Wien - FC Ajax Amsterdam | 1:0 | 3:0* |
| FK Vitoscha Sofia - Royal Antwerpen | 0:0 | 3:4 |
| FC Apollon Limassol - Real Saragossa | 0:3 | 1:1 |
| FC Aberdeen - SK Rapid Wien | 2:1 | 0:1 |
| FC Hibernian Edinburgh - Videoton Székesfehérvár | 1:0 | 3:0 |
| Club Atletico Madrid - AC Florenz | 1:0 | 0.1n.V. 1:3i.E. |
| FC Valencia - Victoria Bukarest | 3:1 | 1:1 |
| FC Kuusysi Lahti - Paris Saint-Germain FC | 0:0 | 2:3 |
| RoPS Rovaniemi - GKS Katowitz | 1:1 | 1:0 |
| AJ Auxerre - KS Apolonia Fier | 5:0 | 3:0 |
| FC Sochaux-Montbeliard - AS Jeunesse Esch | 7:0 | 5:0 |
| FC Iraklis Saloniki - FC Sion | 1:0 | 0:2 |
| FC Glentoran - FC Dundee United | 1:3 | 0:2 |
| IA Akranes - RFC Lüttich | 0:2 | 1:4 |
| Atalanta Bergamo - FC Spartak Moskau | 0:0 | 0:2 |
| FC La Valletta - 1. FC Wien | 1:4 | 0:3 |
| FC Twente Enschede - Club Brügge KV | 0:0 | 1:4 |
| KS Gornik Zabrze - Juventus Turin | 0:1 | 2:4 |
| Sporting CP Lissabon - SSC Neapel | 0:0 | 0:0n.V. 3:4i.E. |
| FC Porto - Flacara Moreni | 2:0 | 2:1 |
| FC Wettingen - FC Dundalk | 3:0 | 2:0 |
| Galatasaray SK - Roter Stern Belgrad | 1:1 | 0:2 |
| FC Dynamo Kiew - MTK Budapest | 4:0 | 2:1 |
| Zenit Leningrad - Naestved IF | 3:1 | 0:0 |
| Zalgiris Vilnius - IFK Göteborg | 2:0 | 0:1 |
| FK Rad Belgrad - Olympiakos Piräus | 2:1 | 0:2 |
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| 2.Runde | ||
| Real Saragossa - Hamburger SV | 1:0 | 0:2n.V. |
| SV Werder Bremen - FK Austria Memphis Wien | 5:0 | 0:2 |
| 1. FC Köln - FC Spartak Moskau | 3:1 | 0:0 |
| Zenit Leningrad - VfB Stuttgart | 0:1 | 0:5 |
| FC Sion - FC Karl-Marx-Stadt | 2:1 | 1:4 |
| 1. FC Wien - Olympiakos Piräus | 2:2 | 1:1 |
| Royal Antwerpen - FC Dundee United | 4:0 | 2:3 |
| Club Brügge KV - SK Rapid Wien | 1:2 | 3:4 |
| FC Hibernian Edinburgh - RFC Lüttich | 0:0 | 0:1n.V. |
| RoPS Rovaniemi - AJ Auxerre | 0:5 | 0:3 |
| Paris Saint-Germain FC - Juventus Turin | 0:1 | 1:2 |
| AC Florenz - FC Sochaux-Montbeliard | 0:0 | 1:1 |
| FC Porto - FC Valencia | 3:1 | 2:3 |
| FC Wettingen - SSC Neapel | 3:1 | 0:0 |
| FC Dynamo Kiew - Banik Ostrau | 3:0 | 1:1 |
| Roter Stern Belgrad - Zalgiris Vilnius | 4:1 | 1:0 |
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| Achtelfinale | ||
| Royal Antwerpen - VfB Stuttgart | 1:0 | 1:1 |
| SSC Neapel - SV Werder Bremen | 2:3 | 1:5 |
| Hamburger SV - FC Porto | 1:0 | 1:2 |
| Roter Stern Belgrad - 1. FC Köln | 2:0 | 0:3 |
| Juventus Turin - FC Karl-Marx-Stadt | 2:1 | 1:0 |
| SK Rapid Wien - RFC Lüttich | 1:0 | 1:3 |
| Olympiakos Piräus - AJ Auxerre | 1:1 | 0:0 |
| AC Florenz - FC Dynamo Kiew | 1:0 | 0:0 |
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| Viertelfinale | ||
| RFC Lüttich - SV Werder Bremen | 1:4 | 2:0 |
| 1. FC Köln - Royal Antwerpen | 2:0 | 0:0 |
| Hamburger SV - Juventus Turin | 0:2 | 2:1 |
| AC Florenz - AJ Auxerre | 1:0 | 1:0 |
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| Halbfinale | ||
| Juventus Turin - 1. FC Köln | 3:2 | 0:0 |
| SV Werder Bremen - AC Florenz | 1:1 | 0:0 |
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| Finale am 02. und 16.05.1990 | ||
| Juventus Turin - AC Florenz | 3:1 | 0:0 |
Hinweise:
1.Runde:
* Nach 104 Minuten beim Stand von 1:1 abgebrochen und
mit 3:0 für Austria Wien gewertet.