| Qualifikation | 1.Runde | Achtelfinale | |
| Viertelfinale | Halbfinale | ||
| Finale | |||
| Qualifikation | ||
| NK Rudar Velenje - FC Sheriff Tiraspol | 2:0 | 0:0 |
| FC Vaduz - Helsingborgs IF | 0:2 | 0:3 |
| FC Lausanne-Sport - Zement Ararat | 5:1 | 2:1 |
| FC Cork City - ZSKA Kiew | 2:1 | 0:2 |
| FK Ekranas Panevezys - FC Apollon Limassol | 1:2 | 3:3 |
| KS Apolonia Fier - KRC Genk | 1:5 | 0:4 |
| Bangor City FC - FC Haka Valkeakoski | 0:2 | 0:1 |
| PFK Levski Sofia - Lokomotiv-96 Vitebsk | 8:1 | 1:1 |
| FHK Liepajas Metalurgs - Keflavik IF | 4:2 | 0:1 |
| CS Grevenmacher - UFC Rapid Bukarest | 2:6 | 0:2 |
| FC Lantana Tallinn - Heart of Midlothian FC | 0:1 | 0:5 |
| KS Amica Wronki - Hibernians FC | 4:0 | 1:0 |
| GI Göta - FC MTK Budapest | 1:3 | 0:7 |
| FC Glentoran - FC Maccabi Haifa | 0:1 | 1:2 |
| FK Vardar Skopje - FC Spartak Trnava | 0:1 | 0:2 |
| FC Kopenhagen - FK Qarabağ Ağdam | 6:0 | 4:0 |
| FK Partizan Belgrad - FC Dinamo Batumi | 2:0 | 0:1 |
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| 1.Runde | ||
| MSV Duisburg - KRC Genk | 1:1 | 0:5 |
| NK Rudar Velenje - NK Varteks Varadin | 0:1 | 0:1 |
| UFC Rapid Bukarest - Valerengen IF | 2:2 | 0:0 |
| FC Panionios Athen - FC Haka Valkeakoski | 2:0 | 3:1 |
| SV Ried - FC MTK Budapest | 2:0 | 1:0 |
| PFK Levski Sofia - FC Kopenhagen | 0:2 | 1:4 |
| ZSKA Kiew - FC Lokomotive Moskau | 0:2 | 1:3 |
| Chelsea FC - Helsingborgs IF | 1:0 | 0:0 |
| Newcastle United FC - FK Partizan Belgrad | 2:1 | 0:1 |
| SC Heerenveen - KS Amica Wronki | 3:1 | 1:0 |
| Heart of Midlothian FC - RCD Mallorca | 0:1 | 1:1 |
| FC Apollon Limassol - FK Jablonec 97 | 2:1 | 1:2n.V. 4:3i.E. |
| FHK Liepajas Metalurgs - SC Braga | 0:0 | 0:4 |
| Besiktas JK - FC Spartak Trnava | 3:0 | 1:2 |
| SS Lazio Rom - FC Lausanne-Sport | 1:1 | 2:2 |
| Paris Saint-Germain FC - FC Maccabi Haifa | 1:1 | 2:3 |
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| Achtelfinale | ||
| FC Panionios Athen - FC Apollon Limassol | 3:2 | 1:0 |
| FC Lokomotive Moskau - SC Braga | 3:1 | 0:1 |
| SV Ried - FC Maccabi Haifa | 2:1 | 1:4 |
| Valerengen IF - Besiktas JK | 1:0 | 3:3 |
| SC Heerenveen - NK Varteks Varadin | 2:1 | 2:4n.V. |
| KRC Genk - RCD Mallorca | 1:1 | 0:0 |
| SS Lazio Rom - FK Partizan Belgrad | 0:0 | 3:2 |
| Chelsea FC - FC Kopenhagen | 1:1 | 1:0 |
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| Viertelfinale | ||
| FC Lokomotive Moskau - FC Maccabi Haifa | 3:0 | 1:0 |
| NK Varteks Varadin - RCD Mallorca | 0:0 | 1:3 |
| Chelsea FC - Valerengen IF | 3:0 | 3:2 |
| FC Panionios Athen - SS Lazio Rom | 0:4 | 0:3 |
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| Halbfinale | ||
| FC Lokomotive Moskau - SS Lazio Rom | 1:1 | 0:0 |
| Chelsea FC - RCD Mallorca | 1:1 | 0:1 |
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| Finale am 19.05.1999 in Birmingham | ||
| SS Lazio Rom - RCD Mallorca | 2:1 | |